截至目前，昌吉市积极发展和培育农产品加工企业128家，其中规模以上企业50家，亿元以上企业15家，带动了一方经济的发展，发挥出了示范引领作用。

昌吉市农产品加工企业种类较多，以龙头企业为主形成了产业的强势。食用油加工业以益海油脂、金鑫生物等企业为主，年加工能力压榨油料80万吨，主要生产各种小包装精炼油及散装油；面粉加工业以天山面粉集团和仓麦园为主，日处理小麦900吨；乳业以麦趣尔和娃哈哈为主，日加工鲜奶500吨，主要生产液态奶系列产品、奶粉和营养快线饮料等；番茄加工业以昌通番茄、昌吉果业为主，日加工番茄11500吨，主要生产180公斤筒装番茄酱和各种小包装番茄酱；饲料加工业以三旺饲料、农标普瑞纳等为主，年生产能力45万吨，主要生产鸡、渔、猪、牛、羊等各种饲料；棉花加工业有利华轧花厂、老龙河轧花厂等14家，年加工能力均为5000吨。